1．電泳中常出現的一些現象：
●︶ 條帶呈笑臉狀
原因：凝膠不均勻冷卻，中間冷卻不好; 電泳系統溫度偏高。
●︵ 條帶呈皺眉狀
原因：可能是由于裝置不合適，特別可能是凝膠和玻璃擋板底部有氣泡，或者兩邊聚合不完全。
●拖尾
原因：樣品溶解不好。
●紋理（縱向條紋）
原因：樣品中含有不溶性顆粒。
●條帶偏斜
原因：電極不平衡或者加樣位置偏斜。
●條帶兩邊擴散
原因：加樣量過多。
2．Western blot 結果中背景較高
可能的原因及建議：
●膜封閉不夠
延長封閉的時間；選擇更加適合的封閉液。
●一抗稀釋度不適宜
對抗體進行滴度測試，選擇最適宜的抗體稀釋度。
●一抗孵育的溫度偏高
建議4℃結合過夜。
●選擇的膜容易產生高背景
一般硝酸纖維素膜的背景會比PVDF 膜低。
●膜在實驗過程中干過
實驗過程中要注意保持膜的濕潤。
●檢測時曝光時間過長
減少曝光時間。
3．Western blot 結果中雜帶較多
可能的原因及建議：
●目的蛋白有多個修飾位點（磷酸化位點、糖基化位點、乙酰化位點等），本身可以呈現多條帶。
查閱文獻或進行生物信息學分析，獲得蛋白序列的修飾位點信息，通過去修飾確定蛋白實際大小。
●目的蛋白有其它剪切本
查閱文獻或生物信息學分析可能性。
●樣本處理過程中目的蛋白發生降解
加入蛋白酶抑制劑；樣本處理時在冰上操作。
●上樣量過高，太敏感
適當減少上樣量。
●一抗特異性不高
重新選擇或制備高特異性的抗體。
●一抗不純
純化抗體
●一抗或者二抗濃度偏高
降低抗體濃度。
4 . Western blot 結果中無信號或顯示信號弱
可能的原因及建議：
●檢測樣本不表達目的蛋白
選擇表達量高的細胞作為陽性對照，用于確定檢測樣本是否為陰性。
●檢測樣本低表達目的蛋白
提高上樣量，裂解液中注意加入蛋白酶抑制劑。
●轉移不完全或過轉移
可以用麗春紅染膜并結合染膠（考馬斯亮藍）后確定條帶是否轉至膜上或轉移過頭；適當調整轉膜的時間
和電流。
●抗體不能識別測試種屬的相關蛋白
購買抗體前應當認真閱讀抗體說明書，確定其是否能夠交叉識別測試種屬的對應蛋白。
●一抗孵育時間不足
建議4℃結合過夜。
●二抗與一抗不匹配
選擇針對一抗來源的種屬的抗體。
●洗膜過度
洗膜時間不宜過長，加入的去垢劑不宜過強或過多，建議使用0.1%的弱去垢劑Tween-20。
5.其它現象：
●膜上多處出現黑點或黑斑
原因：抗體與封閉試劑發生非特異性的結合。
●反白（條帶顯白色）
原因：目的蛋白含量太高或者一抗濃度偏高。
●蛋白分子量偏低或偏高
原因：膠濃度不適合，高分子量要用低濃度膠；小分子蛋白要用高濃度膠。
6．安全問題：
操作有毒試劑時，帶手套和口罩，且操作揮發性試劑應在通風櫥中進行。